Xét trên nhiều khía cạnh, cuộc nổi dậy này là sự đáp ứng của nông dân đang sống dưới áp bức đối với lời giảng của Martin Luther và các nhà cải cách khác. Dù đã bộc phát nhiều cuộc nổi dậy ở quy mô nhỏ từ thế kỷ 15,[42] nhưng khi nhiều nông dân tin rằng việc Martin Luther đả kích giáo hội và hệ thống giáo quyền có nghĩa là các nhà cải cách sẽ ủng hộ một cuộc tấn công vào bộ máy cầm quyền của Đế chế, thì họ bắt đầu tiến hành cuộc nổi dậy. Các cuộc nổi dậy khởi phát từ Swabia, Franconia và Thuringia vào năm 1524, nhận được sự ủng hộ rộng rãi từ nhiều nông dân và một số quý tộc bất mãn. Được củng cố lực lượng cùng lúc với sự xuất hiện của nhà lãnh đạo mới, Thomas Müntzer, các cuộc nổi dậy lẻ tẻ trở nên một cuộc chiến tranh toàn diện.[42]

Lúc đầu Martin Luther tỏ ra có thiện cảm với nông dân,[42] ông kết án các áp bức từ giới quý tộc, mặc dù vẫn nhắc nhở giới nông dân cần phải tuân phục bậc cầm quyền. Nhưng khi bạo động bùng nổ, các tu viện, tòa Giám mục, và thư viện bị đốt phá, Luther quay sang chống đối cuộc nổi dậy. Vì phải tìm kiếm sự ủng hộ và bảo vệ từ các vương hầu, ông tránh né đối đầu với họ. Ông khuyến khích giới quý tộc đối xử nặng tay với những người nổi dậy. Từ đó, nhiều người trong giới nông dân nhìn Luther như một kẻ phản bội. Cuộc khởi nghĩa nông dân kết thúc vào năm 1525 khi lực lượng nổi dậy bị tiêu diệt bởi các đạo quân của Liên minh Swabia.[42]